Les mouches peuvent être divisées en deux groupes :

Les mouches non piqueuses et les mouches piqueuses. Toutes souillent nos aliments, sont incommodes et propagent des maladies redoutables : fièvre typhoïde, tuberculose, diarrhée infantile, dysenterie, choléra, vers intestinaux, pour les mouches ordinaires; et le charbon, fièvre aphteuse, pour les mouches piqueuses, sans préjudice des conséquences que leurs douloureuses piqûres entraînent.

Les mouches pondent dans le fumier, les matières fécales, les gadoues, les détritus de cuisine, les latrines, et en général sur toutes les substances organiques en décomposition; pendant leur vie courante, elles fréquentent aussi les ordures et immondices de toutes sortes, se chargent d'innombrables germes morbides qu'elles vont ensuite répandre, au hasard de leurs stations, sur le lait, le pain, la viande, en un mot sur tous les aliments, semant ainsi partout les germes de maladies redoutables ; ce sont de très actives pourvoyeuses de la mort.

La Fannia canicularis (ou petite mouche domestique) se rencontre souvent dans les élevages de volailles mais, son vol étant irrégulier on la localise aussi en grand nombre autour des éclairages intérieurs. La petite mouche domestique résiste mieux au froid que la mouche domestique.
Elle passe l’hiver à l’état de pupe (il s'agit de la larve entourée d'un cocon) malgré l’activité reproductrice intense des adultes dans les climats les plus chauds.

La mouche domestique est un vecteur de pathologies telles que la dysenterie, la gastro-entérite le choléra, la typhoïde ou la tuberculose. Elle régurgite des sucs digestifs et le contenu de son estomac sur les aliments qui se liquéfient et sont alors aspirés par l’appareil buccal suceur. Au cours de cette opération, la mouche aspire des organismes pathogènes qu’elle véhicule et transfère lors de rejets ou défécations. 
Elle demeure à proximité des nids et n’est donc pas susceptible d’être un vecteur pathogène.
Les risques de disséminations de germes pathogènes, le transfert de bactéries et les risques d’affections entériques chez l’homme sont existants.

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Voici les catégories de mouches non piqueuses et piqueuses:
Mouches non piqueuses.
Dans ce groupe on range

1. La Petite Mouche domestique (Homalomyia canicularis) [Fannia canicularis, Dip. Muscidé], plus petite que la Mouche domestique et de forme plus conique en arrière; la femelle pond ses œufs dans les substances végétales : on les absorbe avec ces dernières et les larves qui en sortent causent des troubles intestinaux (première image) 

2. La Mouche domestique (Musca domestica) , de teinte grisâtre, avec le thorax portant quatre larges bandes noirâtres (longueur 6 à 7 millimètres, envergure 13 à 15 millimètres); elle pond ses œufs dans les matières en décomposition les plus diverses, mais aussi sur la viande, le pain, le lait. C'est la plus commune, et, naturellement, la plus redoutable au point de vue de l'hygiène; 

3. La Mouche grise de la viande (Sarcophaga carnaria) [Dip. Sarcophagidé], de taille moyenne ou grande, à thorax marqué de trois bandes noires longitudinales; la femelle pond ses œufs sur les charognes, sur la viande ou les matières végétales en décomposition;

4. La mouche verte de la viande (Lucilia caesar) [Dip. Calliphoridé] [2], grosse mouche d'un vert métallique clair, longueur 10 millimètres, envergure 18 millimètres; la femelle pond ses œufs dans les cadavres, les excréments, les bouses, etc. ;

5. La Grosse Mouche bleue de la viande (Calliphora erythrocephalla) [Dip. Calliphoridé] [3], d'un bleu foncé métallique; elle pond ses œufs sur la viande ; longueur 12 millimètres, envergure 25 millimètres;

6. La Mouche inerme des étables (Muscina stabulans) [Dip. Muscidé] , très voisine de la précédente, quoique un peu plus forte et apparaissant un peu plus tôt; elle pond ses oeufs dans le fumier, dans les excréments humains, les substances végétales et animales en décomposition.

Mouches piqueuses.
Ces mouches fréquentent rarement les maisons, mais se tiennent ordinairement dans les écuries et les étables, Parmi elles, nous citerons

7. La Mouche piqueuse des étables ou Stomoxe (Stomoxys calcitrans) [Dip. Muscidé], un peu plus grosse et un peu plus trapue que la mouche domestique; sa trompe rigide et en forme d'alêne dépasse la tête en avant; elle habite les étables et écuries, où elle se tient surtout au plafond ; elle pique le cheval et le bœuf parfois l'homme, par les temps orageux et suce leur sang.

A côté du stomoxe, l'Hoematobie stimulante (Hoemotobia stimulans) [Dip. Muscidé], qui a la même taille, les mêmes mœurs que la précédente et vit avec elle.

8. La Lyperosie irritante (Lyperosia irritans) [Dip. Muscidé], ou horn fly des Américains, un peu plus petite que les précédentes, qui pique le dos et le flanc du bétail, se pose volontiers sur les cornes, fait maigrir considérablement le bétail et réduit la production du lait du quart à la moitié.

9. Les glossines (Glossina) de l'Afrique équatoriale, qui inoculent à l'homme la maladie du sommeil.

Source : http://www.influenza-h5n1.org/article-832612.html